中心实行校院二级管理体制，校级主管单位是国有资产管理处和教务处，实验室按照国家示范性实验室管理的有关规定，建立现代化的高效运行的管理机制，为全校师生及全国纺织行业专家学者及工程技术人员提供学术交流和试验环境。实验室在运行管理与开放合作机制方面积极探索，通过边建设、边研究、边开放的方式。纺织工程实验教学中心人财物实行统一管理，资源共享。中心建立了一系列严谨、规范可行的管理制度。

        学校制订有《湖南工程学院仪器设备管理办法》、《实验教学中心（实验室）先进集体及先进个人评选奖励办法》、《实验教学中心（实验室）建制管理暂行办法》、《实验教学中心（实验室）安全运行管理暂行办法》、《湖南工程学院教学实验室（中心）档案和基本信息管理办法》《湖南工程学院教学实验室（中心）开放基金管理办法》、《湖南工程学院低值品、材料、易耗品管理办法》，纺织工程实验教学中心根据学校相关文件制订有《纺织工程实验教学中心仪器设备管理制度》、《纺织工程实验教学中心损坏、丢失仪器赔偿制度》、《纺织工程实验教学中心低值品、易耗品、材料管理办法》等，确保了实验仪器的良好维护和运行。

        仪器设备由专职实验人员负责保管。学校资产处存有仪器设备档案，中心有档案副本、仪器上有对应的卡片，专人负责管理。要求做到帐、卡、物三者相符、附件配件、资料、软件齐全。大型精密仪器和贵重仪器设备责任到人，须由实验室负责人、实验中心主任同时确认后方可使用，仪器设备使用前后有登记记录，便于及时了解仪器设备的现状，保证仪器设备的完好率。学校资产处定期检查，保证仪器设备的正常高效运行，充分发挥仪器设备的作用。每台（套）仪器均配有仪器设备使用记录本，学生使用需要填写记录，每个实验室配有工作日志，教师需要填写工作日志。